Sungai Charok Batu Letak berpunca di Bukit Ketapang, dengan anggaran ketinggian dari atas min aras laut mencecah 226 meter (741.5 ka). Sumber sungai Charok Batu Letak terletak di timur kawasan perkampungan Kampung Kelian Pintu Wang di Mukim Batang Tunggang Kiri, dan terletak berdekatan dengan sumber saliran lain seperti Charok Simpang Kerbau dan Charok Kedungdong.[4][5] Charok Batu Letak memasuki zon pentadbiran Mukim Padang Terap Kiri sedikit, lalu melengkung dengan menuju ke tenggara dan memasuki semula kawasan Mukim Batang Tunggang Kiri. Sungai ini akan membentuk lengkungan sekali lagi, dengan menelusuri kawasan perhutanan dalam Hutan Simpanan Kekal (HSK) Koh Mai. Setelah membuat dua lengkungan, Charok Batu Letak diteruskan ke penamatnya, di pertemuan antara Sungai Agon (atau Sungai Agong) di ketinggian dari aras laut iaitu 76 meter (249.3 ka) di dusun buah-buahan yang ditanam oleh penduduk Kampung Pumok.[4][5]